नेपाल भित्र खानेपानी र ढल निकास सम्बन्धी सेवा सचंलनको व्यवस्था गर्न सवंत् २०२९ सालमा खानेपानी तथा ढल निकास विभाग स्थापना हुँदा राजधानी काठमाडौँको अलावा अन्य केही शहरी क्षेत्र तथा ग्रामीण बस्तीहरुमा मात्र खानेपानी सुविधा उपलब्ध गराइएको थियो । यसपिछ खानेपानी सेवा बिस्तारसँगै यस विभाग अन्तर्गत २०३४ सालमा तत्कालीन चारै विकास क्षेत्रमा डिभजन कायार्लयहरु स्थापना गर क्षेत्रीयस्तरसम्म स्थायी संरचनाको विकास गरीएको थियो । त्यस अवस्थामा देशका विभिन्न ठाउँमा संचालन हुने खानेपानी आयोजनाहरुको यिनै डिभजन कायार्लयहरुबाट योजना तजुर्मा कार्यान्वयन तथा अनुगमन र सुपिरवेक्षण हुने गरी अस्थायी योजना कार्यालयहरु मार्फत कार्य संचालन हुने व्यवस्था रहेको थियो । यसका अतिरिक्त तत्कालीन स्थानीय विकास विभाग (पछि पञ्चायत तथा स्थानीय विकास मन्त्रालय) का साथै तत्कालीन जिल्ला पञ्चायतहरुबाट समेत खानेपानी क्षेत्रको काम समानान्तर रुपमा हुने गरेको थियो ।
सन् १९८० को दशकलाई अन्तर्राष्ट्रिय खानेपानी दशकको रुपमा घोषणा गर्न विश्व स्वास्थ्य संगठनको प्रस्ताव प्रति तत्कालीन श्री ५ को सरकारले प्रतिबद्धता जनाए पछी खानेपानी क्षेत्रमा सरकारी लगानी वृद्धि हुँदै जाँदा खानेपानी तथा ढल निकास विभाग अन्तर्गत क्षेत्रीयस्तरका ४ वटा कार्यालयहरु र ती कार्यालय अन्तर्गत केही विकास तर्फका समेत डिभिजन कार्यालयहरुको व्यवस्था गरी कार्य संचालन गिरएको थियो। यो अवस्था सवंत् २०४५ सालसम्म विद्यमान रहेको थियो ।
यस अिघ एकै किसिमको कायर्क्रम विभिन्न निकायबाट संचालन हुँदा देखिन आएका योजना छनौटमा दोहोरोपना, कामको गुणस्तर तथा मापदण्डमा विविधता र स्थायी संरचना तथा संजालको कमी आदिलाई ध्यानमा राखी यस क्षेत्रसँग सम्बन्धित सम्पूर्ण काम एउटै निकाय (खानेपानी तथा ढल निकास विभाग) बाट संचालन गर्ने गरी ५ क्षेत्रीय निर्देशनालय र ७५ जिल्ला खानेपानी कार्यालयहरुको सांगठिनक संजाल सहितको संरचना सवंत् २०४५ सालमा स्वीकृत भई २०४५ पौष देखि कार्य संचालन शुरु गरियो । खानेपानी तथा ढल निकास विभागको यो संजालको विकाससँगै यसभन्दा पिहले स्थानीय विकास मन्त्रालय (तत्कालीन पञ्चायत तथा स्थानीय विकास मन्त्रालय) बाट संचालन भएका सम्पूर्ण कायर्क्रमहरु यस विभागमा हस्तान्तरण गरी खानेपानी तथा ढल निकास विभागमा संलग्न अन्य निकायहरु बीच समन्वयकारी भूमीका निवार्ह गर्ने गरी यस क्षेत्रको अगुवा निकायको रुपमा यस विभागलाई तोकी कार्य संचालन गर्न व्यवस्था लागू भयो ।
यसै क्रममा २०५८/८/६ मा स्वीकृत संरचनाअनुसार देशको पाँचै विकास क्षेत्रको क्षेत्रीय सदरमुकाम रहेका जिल्लाहरुमा सुपरीटेन्डेन्ड इन्जिनियर (रा.प.प्र.प्रा.) कायार्लय प्रमुख रहने गरी ५ क्षेत्रीय अनुगमन तथा सुपिरवेक्षण कायार्लय तथा बाँकी जिल्लाहरु मध्ये सिनियर ।
